エネルギー科学科は平成10年に大学院重点化に伴い新しく発足しました。エネルギー科学科の学生定員は、平成10年の発足時は、旧応用原子核の40名、機械系3学科からの振替30名を加えて70名でした。2年後の平成12年には物質系からの振替30名を加えて合計100名となりました。その後、平成15年にシステム生命科学府の設置に伴い、1名を振替えて平成29年度時点での学生定員は99名です。